历史上的第五座大佛塔，七层八面的药师佛塔，为1990年重新建造，塔高约44米。此塔被称为消灾延寿药师佛塔，含国泰民安和为香客、游人消灾延寿的祝祷之意，也是南京的制高点。而今当高楼林立的南京，鸡鸣寺的药师佛塔孤立在现代都市楼林里突出显要的位置。